Rtm. Szendzielarz z resztkami Brygady podporządkował się 20 września 1944 komendantowi Okręgu Białostockiego AK ppłk. Władysławowi Liniarskiemu ps. "Mścisław". Ten nakazał "Łupaszce" trwać w Puszczy Białowieskiej i organizować kadrowy oddział z rozbitków z nowogródzkich i wileńskich oddziałów AK. Mjr "Łupaszka" otrzymał funkcję "dowódcy partyzantki" w Komendzie Białostockiego Okręgu Armii Krajowej-Armii Krajowej Obywatelskiej (AK-AKO). Jego kompetencje polegały na dowodzeniu 5 Brygadą, będącą oddziałem dyspozycyjnym Komendy Okręgu AK-AKO. Struktura odtworzonej 5 Wileńskiej Brygady AK przedstawiała się następująco:

• dowódca – mjr Zygmunt Szendzielarz "Łupaszka",
• zastępca dowódcy – por. Leon Lech Beynar "Nowina",
• adiutant – por. Jerzy Jezierski "Stefan",
• d-ca 1 szwadronu – por. Zygmunt Błażejewicz "Zygmunt",
• d-ca 2 szwadronu – ppor. Romuald Rajs "Bury",
• d-ca 1 kompanii szturmowej – por. Jan Mazur "Piast",
• d-ca 4 szwadronu – por. Marian Pluciński "Mścisław",
• d-ca drużyny podoficerskiej – ppor. Jan Zaleski "Zaja".