W kwietniu 1945 Szendzielarz wznowił działania zbrojne. Odtworzona przez Szendzielarza 5 Brygada Wileńska liczyła w szczytowym okresie rozwoju tj. latem 1945: 250 żołnierzy, 3 szwadrony, kompanię szturmową oraz drużynę podoficerską. Wykonała kilkadziesiąt akcji przeciw NKWD oraz UBP, Milicji Obywatelskiej oraz KBW. Była uznawana za jeden z najgroźniejszych i najskuteczniejszych oddziałów podziemia antykomunistycznego na terenie Białostocczyzny. W tym okresie wchodziła w skład Armii Krajowej Obywatelskiej. W początkach września 1945 na rozkaz Komendy Okręgu Białostockiego AKO wydany w związku z zarządzoną przez Delegaturę Sił Zbrojnych na Kraj (DSZ) akcją "rozładowywania lasów" polecił rozformować 5 Brygadę Wileńską. Demobilizacja trwała niecały miesiąc. W polu pozostał oddział kadrowy 1 szwadronu, na bazie którego wkrótce potem sformowano 6 Wileńską Brygadę.U schyłku 1945, już po częściowej demobilizacji, mjr Szendzielarz nawiązał ponownie kontakt z Komendą Okręgu Sarny AK, odtwarzającym się po ewakuacji z rodzinnych stron już głównie na nowych terenach centralnej Polski oraz Pomorza. Mjr "Łupaszka” bez wahania zgodził się odtworzyć oddziały. W ten sposób powstały właściwie dwa zgrupowania. Na Pomorzu przyjęły nazwę 5., zaś na Białostocczyźnie 6. Wileńskiej Brygady. Akcje przeciwko systemowi komunistycznemu na Pomorzu zaczęły się w kwietniu 1946.W połowie sierpnia 1946 mjr Szendzielarz, mając na względzie coraz silniejsze nasycenie terenu siłami komunistycznymi, podjął decyzję przejścia w rejon Białegostoku w celu połączenia się z 6. Brygadą. Udało mu się to dopiero w połowie października i tylko z siłami szwadronu "Lufy". Pozostałe dwa szwadrony pozostały na miejscu i rozformowały się w połowie listopada 1946. Najprawdopodobniej w grudniu mjr Szendzielarz otrzymał od ministra BP Stanisława Radkiewicza list, w którym ten nakłaniał "Łupaszkę" do rozwiązania oddziałów. W zamian obiecywał możliwość swobodnego opuszczenia Polski. Urząd Bezpieczeństwa ponawiał próby kontaktu także w marcu i kwietniu 1947Do czerwca 1948 UB rozpracował i rozbił Okręg Wileński AK a 30 czerwca 1948 w Osielcu pod Zakopanem został aresztowany sam mjr Szendzielarz. Natychmiast po aresztowaniu "Łupaszki" został przewieziony do Warszawy i osadzony w więzieniu mokotowskim przy ul. Rakowieckiej. Przebywał tam do 8 lutego 1951 (w sumie 2,5 roku). 23 października 1950 rozpoczął się proces b. członków Wileńskiego Okręgu AK, w którym oskarżeni zostali: ppłk Antoni Olechnowicz, kpt. Henryk Borowski ps. "Trzmiel", mjr Zygmunt Szendzielarz, ppor. Lucjan Minkiewicz ps. "Wiktor", Lidia Lwow ps. "Lala", Wanda Minkiewicz ps. "Danka". Wszyscy, oprócz kobiet, zostali skazani 2 listopada 1950 przez sędziego Mieczysława Widaja na wielokrotną karę śmierci. Wyrok wykonano 8 lutego 1951 w więzieniu na Mokotowie. Podczas całej swojej działalności oddziały 5. Wileńskiej Brygady AK wykonały ponad 230 akcji, z tego większość na terytorium Borów Tucholskich. Na terytorium województwa gdańskiego w 1946 zlikwidowały 39 osób, w tym 18 funkcjonariuszy bezpieki. Pozostali to konfidenci UB, milicjanci oraz żołnierze, którzy polegli w walkach ze poszczególnymi szwadronami. Akcje te niemal sparaliżowały komunistyczną władzę na tych terenach, mimo jej blisko 100-krotnej przewagi liczebnej.